環氧乙烷氣體殺菌力強、殺菌譜廣，可殺滅各種微生物包括細菌芽孢，屬消毒劑。多數不宜用一般方法消毒的物品均可用環氧乙烷消毒和低溫等離子消毒。環氧乙烷是目前主要的低溫消毒方法之一。

環氧乙烷氣體穿透力強，可對包裝好的物品進行消毒。

環氧乙烷幾乎可用于所有醫療用品的消毒，但不適于食品、液體、油脂類、滑石粉和動物飼料等的消毒。

適合于環氧乙烷消毒的包裝材料有紙、復合透析紙、布、無紡布、通氣型硬質容器、聚乙X等。不能用于環氧乙烷消毒的包裝材料有金屬箔、聚氯乙烯、玻璃紙。改變包裝材料應作驗證，以保證被消毒物品準確的可靠性。

使用醫用滅菌器對器械消毒時，器械不得高出盤面;滅菌完畢后若打印出“滅菌失敗”的標識應通知廠家檢查處理；滅菌后的器械物品，須存放于無菌環境中，盡量縮短器械從滅菌到使用的間隔時間，避免器械二次污染；發現箱蓋有滲水現象，立即通知有關人員更換機蓋上的密封條;每天開機前、關機后作簡單的清潔工作，用干布擦干滅菌盤內水分，然后用70%酒精擦拭機蓋內外表面，并蓋好蓋。長時間不用時，每隔7天自動運行一次。每月做一次全面清潔，更換過濾器濾芯。放熱水器的水，重新罐滿，并在使用前用滅菌劑運行一次后，方可進行器械滅菌。